O Conselho Executivo é o órgão de administração e gestão da unidade orgânica nas áreas pedagógica, cultural, administrativa, patrimonial e financeira.
O Conselho Executivo da EBI de Água de Pau é composto pelos seguintes elementos:
Hermínia Pereira Coelho Rodrigues (Presidente)
Rosa Maria de Medeiros Costa (Vice-presidente)
Catarina de Fátima Raposo Amaral (Vice-presidente)
Paulo Alexandre da Silva Brito martins (Assessor Técnico-Pedagógico)